Fue fundado en 1482 por última voluntad de Núñez Arnalte, tesorero de la Reina Isabel, voluntad que fue cumplida por su viuda, Doña María DAvila y por fray Tomás de Torquemada, quien fue su primer prior. Años más tarde, Doña María DAvila cedió el patronato a Isabel y Fernando.
El real monasterio de Santo Tomás es uno de los mejores ejemplos del gótico isabelino.
Los Reyes Católicos apoyaron esta fundación desde su primer momento y fue el lugar elegido por ellos para enterrar a su único hijo varón y heredero, el príncipe Don Juan de las Españas, que falleció prematuramente y cuyos restos descansan en un sepulcro de alabastro labrado por Domenico Fancelli, situado bajo el altar mayor.
El conjunto monacal está formado por la iglesia, tres claustros y la hospedería real. El altar mayor está en situación elevada para permitir a los frailes dominicos seguir la Misa desde el coro. Destaca el retablo, pintado por Pedro Berruguete.
Tres claustros: Noviciado, Silencio y Reyes, en los que merece la pena detenerse y descubrir la variedad de portadas de traza gótica que dan paso a las distintas dependencias conventuales.
Curiosidades.
En 1504 se fundaba en este monasterio la novena universidad de España, figurando Jovellanos como alumno de la misma.
Aquí estuvo enterrado Fray Tomás de Torquemada, confesor de la reina e Inquisidor General del Reino. | | | Monasterio de Santo Tomás | | |  | |
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La Catedral
